Obec leží v strede bývalej Hontianskej Župy, medzi Balážskými Ďarmotami a Šahami, pod kopcami Krupinskej planiny blízko Ipľu.
Terajšiu obec tvoria bývalé osídlenia: Dolné Nekyje, Stredné Nekyje, Horné Nekyje, Kostolica a Leklinec (zriedko aj Lekninec). Nekyje ako obec sú spomínané najskor v roku 1135, kedy sa objavila na zozname obcí listiny uhorského kráľa Belu II.
Nekyje patrily do roku 1923 medzi najviac osídľovanie okolia. Hontianska župa mala v tom čase 21 miest, jedným z nich boli Nekyje. V období 1902 - 1923 bolo mesto Nekyje okresným sídlom.